醫療潔凈室建設通常是在土建框架主體結構營造的大空間內，采用符合要求的裝修材料，根據工藝要求進行分隔、裝修成滿足各類使用要求的潔凈室。醫療潔凈室建設內的污染控制需凈化空調與自動化控制共同完成，若是制藥企業的潔凈車間，還需要工藝管道及排水的配合，把生產所需的廢水及壓縮空氣送入潔凈室，把生產廢水排出潔凈室。醫療潔凈室建設是各系統之間需要密切配合的一項系統工程，哪個環節出現問題，均會影響潔凈室的建造質量。
醫療潔凈室建設涉及土建工程，主要指潔凈室建造的外部圍護結構，起到外層防護作用。
通過凈化空調設備、凈化風管及閥門附件等組成凈化空調系統來控制室內溫度、濕度、潔凈度、風速、壓差及室內空氣品質等參數。此項內容稱之為醫療潔凈室建設工程凈化空調系統。
負責醫療潔凈室建設內容關于自動化控制及電氣化工程，照明配電、動力配電、燈具、開關插座等器具的安裝；配合凈化空調，實現溫度、濕度、送風量、回風量、排風量、室內壓差等參數的自動控制。
醫療潔凈室建設項目各種工藝管道，通過管道設備及其附件把潔凈室所需要的各種氣體、液體按要求送入室內，輸配管道大多采用鍍鋅鋼管、不銹鋼管及銅管。在潔凈室內明裝的管道均需要求采用不銹鋼管道。
裝修裝飾對材料的要求：不產塵、不積塵、易清洗、耐腐蝕、耐去毒液擦洗、無接縫或少接縫（接縫應嚴密平整）對裝修裝飾工藝要求為嚴格，強調壁板平整、接縫嚴密且 平整光滑，不許有凹凸造型。
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